Yönetim Kurulu, Orta Karadeniz Kalkınma Ajansı’nın karar organıdır.
5449 sayılı Kanun’un onuncu maddesinde belirtildiği üzere Yönetim Kurulu; birden fazla ilden oluşan bölgelerde il valileri, büyükşehir belediye başkanları veya büyükşehir olmayan illerde il merkez belediye başkanları, il genel meclisi başkanları ve her ilden birer kişi olmak kaydıyla ticaret ve sanayi odası başkanlarından oluşur. Ancak, birden fazla ilden oluşan bölgelerdeki illerde; ticaret ve sanayi odalarının ayrı ayrı kurulmuş bulunması halinde, yönetim kurulunda yer alacak temsilci Türkiye Odalar ve Borsalar Birliği Yönetim Kurulu tarafından belirlenir.
Bu bağlamda Orta Karadeniz Kalkınma Ajansı Yönetim Kurulu, Amasya, Çorum, Samsun ve Tokat Valileri, Belediye Başkanları, İl Genel Meclisi Başkanları ile Ticaret ve Sanayi Odası Başkanından oluşmaktadır. 5449 sayılı kanunun onuncu maddesi dördüncü fıkrası uyarınca Ajansımız Yönetim Kurulu Başkanlığı görevini 2009 yılı boyunca Sayın Samsun Valisi Hasan Basri GÜZELOĞLU yürütmüş ve 26 Ocak 2010 tarihinde gerçekleşen 2010 yılının ilk yönetim kurulu toplantısı ile Sayın Tokat Valisi Şerif YILMAZ’ a devredilmiştir. Bundan sonraki dönemlerde illerin alfabetik sırası takip edilecektir.

Yönetim Kurulu’nun Görev ve Yetkileri:
Yönetim Kurulu’nun görev ve yetkileri 5449 sayılı Kanun’un 11 maddesinde açıkça belirtilmiştir. Bu madde hükümlerine göre Yönetim Kurulu’nun görev ve yetkileri şu şekildedir.
a) Yıllık çalışma programını kabul etmek ve Devlet Planlama Teşkilatı Müsteşarlığı’nın onayına sunmak.
b) Yıl içinde ihtiyaçlara göre bütçeyi revize etmek.
c) Yıllık mali raporu ve kesinleşen bütçe sonuçlarını onaylamak.
d) Taşınır ve taşınmaz mal alımı, satımı ve kiralanması ile hizmet alımına karar vermek.
e) Altı aylık ara rapor ile yıllık faaliyet raporunu Devlet Planlama Teşkilatı Müsteşarlığı’na göndermek.
f) Ajans bütçesini onaylamak ve Devlet Planlama Teşkilatı Müsteşarlığına göndermek.
g) Genel sekreterlik tarafından sunulan program, proje ve faaliyetlerin desteklenmesine ilişkin teklifler ile kişi ve kuruluşlara yapılacak yardımları onaylamak.
h) Ajansa yapılacak bağış ve hibeleri kabul etmek.
i) Personelin işe alınması ve işine son verilmesine karar vermek.