Genel sekreterlik Ajansın icra organıdır. Genel sekreterliğin ve yatırım destek ofislerinin en üst amiri genel sekreterdir. Genel sekreter yönetim kuruluna karşı sorumludur. Genel Sekreterliğe Bağlı Mevcut Birimler:
• Planlama ve Programlama Birimi
• Program Yönetim Birimi
• İzleme ve Değerlendirme Birimi
• Destek Hizmetleri
• Yatırım Destek Ofisleri

Genel Sekreterliğin Görev ve Yetkileri:
Genel Sekreterliğin görev ve yetkileri 5449 sayılı Kanun’un on dördüncü maddesinde açıkça belirtilmiştir. Bu madde hükümlerine göre Genel Sekreterliğin görev ve yetkileri şu şekildedir.
a) Yönetim Kurulu kararlarını uygulamak.
b) Yıllık çalışma programı ile bütçeyi hazırlamak ve yönetim kuruluna sunmak.
c) Ajans gelirlerini toplamak, 4 üncü maddeye göre belirlenecek usul ve esaslar ile bütçe ve yönetim kurulu kararlarına uygun olarak harcamaları yapmak.
d) Yönetim Kurulu tarafından tespit edilecek sınırlar içerisinde, taşıt dışındaki taşınır malların alımına, satımına, kiralanmasına ve hizmet alımına karar vermek.
e) Bölgedeki kişi, kurum ve kuruluşların proje üretme ve uygulama kapasitesini geliştirici faaliyetlerde bulunmak.
f) Özel kesim, sivil toplum kuruluşları ve yerel yönetimlerin proje ve faaliyet tekliflerini değerlendirerek mali destek sağlamak üzere Yönetim Kuruluna öneri götürmek.
g) Desteklenen proje ve faaliyetleri izlemek, değerlendirmek, denetlemek ve raporlamak.
h) Bölgesel kalkınmayla ilgili yurt içindeki ve dışındaki ajans ve kuruluşlarla işbirliği yapmak ve ortak projeler geliştirmek.
i) Yerel yönetimlerin planlama çalışmalarına teknik destek sağlamak.
j) Personelin performans ölçütlerini belirlemek ve performansını değerlendirmek.
k) Personelin işe alınması ve işine son verilmesini yönetim kuruluna teklif etmek.
l) Ajans genel sekreterliğini temsilen, bölgesel gelişme ile ilgili ulusal ve uluslararası toplantılara katılmak ve yurt dışı temaslarda bulunmak.
m)    Ajansın sekretarya işlerini ve görev alanına giren diğer hizmetleri yürütmek.
n) Yönetim Kurulu’nun devrettiği yetkileri kullanmak.